长期以来，社会上对微生物 肥料的看法存在一些误解和偏见。一种看法认为它肥效很高，把它当成肥料，甚至扬言可以完全取代化肥；另一种看法则认为它根本不是肥料。其实这两种都是 偏见。国内外多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，确实有增产效果，合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作 物也有增产效果，而且有化肥达不到的效果。

传统化肥使用的危害：
1.化肥中不含有机质、腐殖质：因此大量使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到破坏，造成土壤板结，农植物产量下降。

2.化肥利用率低,氮肥因为易挥发、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因为磷酸根化学活性活泼，施入土壤后大部分磷与土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等阳离子结合形成难溶性磷肥。钾的利用率也只有50%左右。

3.化肥大量使用使蔬菜瓜果品质大大下降,由于作物不仅仅需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化 肥必 然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，必然导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。

4.危害人体健康,大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致癌物质。

5.化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。

6.化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。

7.从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地利就越下降，就越依赖化肥，由此形成恶性循环。